Le 18 janvier 1694, alors que les premiers colons de la Nouvelle-France sont en conflit avec les Amérindiens et les troupes britanniques, la Seigneurie de Rouville est concédée au sieur Jean-Baptiste Hertel. Officier dans la marine, c’est pour ses exploits militaires qu’il se fait attribuer la Seigneurie qui couvre les territoires actuels de Saint-Jean-Baptiste et de Saint-Hilaire. Mais celui-ci, probablement trop impliqué dans la guerre à outrance que livre la colonie aux Iroquois, ne remplit pas ses devoirs de seigneur (tenir feu et lieu, faire défricher le fief, construire son manoir et un moulin à farine, ouvrir des chemins, recruter des colons…) et ne s’établit pas dans la Seigneurie. Ce n’est d’ailleurs que Jean-Baptiste René Hertel, le cinquième de la lignée, qui est le premier à s’y établir en 1789.
Dès le début du XVIIIe siècle, le territoire est occupé par quelques pionniers à qui on a concédé des terres. Au départ, le défrichement est limité à des éclaircies éparses le long de la rivière. En 1792, l’ensemble de la Seigneurie regroupe 893 âmes. La population grandissante, dépendante des paroisses de Saint-Mathias (fondée en 1739) et de Saint-Mathieu-de-Beloeil (fondée en 1772) réclame alors une desserte dans la Seigneurie. Le sixième seigneur, Melchior Hertel de Rouville, se joint aux démarches comprenant l’importance d’une telle acquisition. Une déclaration du curé Labelle faite au XIXe siècle nous donne un aperçu de l’importance de l’octroi d’une église : « Faites venir un prêtre, bâtissez-lui une chapelle et la colonisation se fera par enchantement ».
Mais une querelle éclate dans la Seigneurie entre les habitants de la rivière des Hurons et ceux de la rivière Richelieu pour l’obtention de la desserte. Le 15 septembre 1795, une place d’église est marquée à la rivière des Hurons. La paroisse est fondée officiellement en 1797 et Saint-Jean-Baptiste est choisie pour titulaire en l’honneur du premier Seigneur. Deux années plus tard, une autre église est fondée sur le bord du Richelieu.
La Seigneurie de Rouville est alors scindée en deux paroisses, celle de Saint-Jean-Baptiste, d’une superficie de 17 529 arpents carrés, et, celle de Saint-Hilaire de 11 557 arpents carrés. Sur le territoire de Saint-Jean-Baptiste, les terres ne sont pas couvertes de forêts comme à Saint-Hilaire et offrent d’immenses prairies plus accueillantes pour le défricheur. Ainsi en 1832, Saint-Jean-Baptiste compte 2 098 habitants contre seulement 1 028 pour Saint-Hilaire.
Le 1er juillet 1845, c’est l’érection de la Municipalité de Saint-Jean-Baptiste-de-Rouville couvrant l’étendue de la paroisse. Deux années après, en 1847, la Municipalité cesse d’exister et son territoire devient partie de la municipalité du comté de Rouville. Ce n’est que le 1er juillet 1855 que se fait l’érection de plein droit de la municipalité de la paroisse de Saint-Jean-Baptiste, selon l’acte Victoria.
Le premier maire élu est Lambert Fontaine dit Bienvenue et le secrétaire-trésorier est Michel Lemonde. Les six premiers conseillers sont Louis Rocheleau, Léandre Noiseux, Félix Lemonde, Jovite Blanchard, Joseph Brillon et Jean-Baptiste Hamel.